در بین مدافعان نظریه ولایت فقیه در مورد مبنای مشروعیت حکومت ولی فقیه اختلاف مهمی وجود دارد. برخی قائل به نظریه مشروعیت الهی هستند که به ولایت انتصابی فقیه معروف است و برخی دیگر مشروعیت او را ناشی از انتخاب مردم می‌دانند که به ولایت انتخابی فقیه یا ولایت فقیه آیت‌الله منتظری معروف است.

هر دو این نظریات به‌شدت تحت تأثیر تجربه ولایت فقیه در دوران جمهوری اسلامی هستند.
نظریه نصب

مصباح یزدی در کتاب «حکومت اسلامی و ولایت فقیه» و عبدالله جوادی آملی در کتاب «پیرامون وحی و رهبری» بیش از همه به شرح این نظریه پرداخته‌اند. البته این دیدگاه خاص این دو نیست و اندیشمندانی چون ناصر مکارم شیرازی و لطف‌الله صافی گلپایگانی نیز دیدگاهی اینچنینی دارند.

براساس این نظریه مشروعیت حکومت در زمان غیبت با حکم الهی و مشروعیت ولی فقیه ناشی از نصب او توسط امام معصوم است. به این ترتیب این نظام است که مشروعیت خود را از ولی فقیه می‌گیرد -نه برعکس- و تمام کارهای قوای سه‌گانه زمانی اعتبار دارد که رضایت ولی فقیه را به همراه داشته باشد.

جوادی آملی نیز در تحلیلی عقلی از قاعده لطف به مثابه استدلالی برای انتصابی بودن ولایت فقیه بهره می‌گیرد. موافقان این نظریه به نوشته‌ها و فعالیت‌های آیت‌الله روح‌اله خمینی نیز استناد می‌کنند. او در کتاب بیع در استدلال عقلی خود بر ولایت فقیه می‌نویسد: «هرآنچه دلیل امامت است، عین همان ادله دلیل بر لزوم حکومت بعد از غیبت ولی امر است.» و مسلم است که در نگرش رایج شیعه ادله امامت بر وجوب نصب امامان معصوم از جانب خداوند دلالت دارند.

نظر و انتخاب مردم در این نظریه هیچ مشروعیتی به حکومت فقیه نمی‌دهد و رأی به خبرگان در واقع رجوع به بینه‌است. یعنی مردم کارشناسان مذهبی را انتخاب می‌کنند تا آنان فقیه اصلح و اعلم را کشف کنند و شهادت آن‌ها موجب یقین دیگران می‌شود..

همچنین مصباح سخنان آیت‌الله خمینی در زمان انتصاب مهندس بازرگان، استفاده از کلمه «منصوب می‌کنم» در تنفیذ احکام ریاست جمهوری بنی‌صدر، رجایی و خامنه‌ای و به ویژه فرمان تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام که در اختیارات رهبر در قانون اساسی پیش بینی نشده بود را شاهدی بر فراتر بودن ولی فقیه از قانون، و اعمال ولایت مطلقه فقیه می‌داند. او تشکیل مجمع تشخیص مصلحت را نشانه تمثیلی بودن اختیارات رهبر که در اصل ۱۱۰ بیان شده، می‌داند. یعنی در شرایط عادی ولی فقیه در همین چارچوب است اما در در شرایط فوق‌العاده رهبر به اقتضای ولایت مطلقه الهی خود می‌تواند تصمیمات مقتضی را اتخاذ کند.

مدافعان این نظریه همچنین اصول ۵ و ۱۰۷ قانون اساسی را نیز شاهدی بر نظریه خود می‌دانند.

۱۰
نظریه انتخاب

بر اساس این نظریه در زمان غیبت امامان معصوم و در شرایطی که نماینده‌ای نیز از جانب او مشخص نشده‌است، بر مردم واجب است که فقیه جامع‌الشرایطی را برای حکومت برگزینند.

این نظریات طبعی انتقادی دارند و با توجه به مشکلات نظری و عملی نظریه نصب و تجربه ولایت فقیه در جمهوری اسلامی شکل گرفته‌اند. آثار متعددی در این زمینه نوشته شده که کتاب «ولایت فقیه، حکومت صالحان» اثر نعمت‌الله صالحی نجف‌آبادی و به ویژه «دراسات فی ولایة الفقیه» اثر حسینعلی منتظری از مهمترین آن‌ها هستند.

صالحی با تقسیم نظریه‌های ولایت فقیه به «ولایت به مفهوم خبری» و «ولایت به مفهوم انشایی» این دو نظریه را از هم متمایز می‌کند. او معتقدان نظریه نصب را قائلان به ولایت فقیه به مفهوم خبری می‌داند، به این صورت که؛ «فقهای عادل از طرف خدا منصوب به ولایت هستند» و ولایت فقیه به مفهوم انشایی را به صورت؛ «مردم باید فقیهی دارای شرایط را به ولایت انتخاب کنند» بیان می‌کند.

او در دفاع از مفهوم انشایی ولایت فقیه که نقش اصلی را به انتخاب مردم می‌دهد، معتقد است که نصب فقیه از سوی خدا به این معنا که همه فقها -یا یک فقیه غیر معین- از طرف خداوند ولایت دارند در مرحله ثبوت محال است و قابل تصور نیست. در مرحله اثبات نیز ادله کافی برای آن وجود ندارد. پس دلایل عقلی و نقلی ناظر بر ولایت فقیه را باید ناظر به مفهوم انشایی ولایت فقیه دانست.
منتظری نیز استدلال‌های مشابهی را با افزوده‌ها و نظم بیشتری دنبال کرده و در مجموعه استدلال‌های دیگری ولایت انتخابی را منوط به فرض عدم اثبات مدعای نظریه نصب می‌کند. او در توضیح عدم امکان نصب عام و خدشه آن در مقام ثبوت، فرضی را مطرح می‌کند که در یک زمان بیش از یک فقیه دارای شرایط ولایت موجود باشد و پنج احتمال قبل تصور را در چنین حالتی مطرح کرده و ایرادات جدی به هر یک از آنان وارد می‌کند.

        * احتمال یکم. همه فقهای واجد شرایط یک عصر به صورت عام استغراقی از جانب ائمه(ع) منصوب باشند. در این صورت هریک از آنان بالفعل ولایت داشته و مستقلا حق اعمال ولایت دارند.
        * احتمال دوم. همه فقها به نحو عموم ولایت دارند، اما اعمال ولایت جز برای یکی از آنان جایز نیست.
        * احتمال سوم. فقط یکی از آنان به ولایت منصوب شده باشد.
        * چهارم. همه منصوب به ولایت باشند، لکن اعمال ولایت هر یک از آنان مقید به هماهنگی و اتفاق نظر با دیگران باشد.
        * پنجم. مجموع آنان منصوب به ولایت باشند که در واقع همه آنان به منزله امام واحد هستند که واجب است در اعمال ولایت با یکدیگر توافق و هماهنگی کنند.

او در بطلان هر یک از این احتمالات به دلایل عقلی و روایات بسیاری رجوع می‌کند و در پایان نصب فقیهان را محال می‌داند. و همچنین ۲۶ دلیل عقلی و نقلی دیگر را نیز در تقویت دیدگاه انعقاد امامت به انتخاب امت مطرح می‌کند.

مدافعان نظریه انتخاب نیز به برخی از سخنان و نوشته‌ها و استفتائات آیت‌الله خمینی، اصول ششم، پنجاه و ششم، یکصدوهفتم و یکصدوچهل‌و دوم قانون اساسی و به ویژه اصل ۱۱۱ که به امکان عزل رهبر و اصل ۱۴۲ که به بررسی اموال رهبری مربوط است را مورد استناد قرار می‌دهند. نجف آبادی همچنین سخنان خامنه‌ای در خطبه‌های نماز جمعه تهران در ۱۲ آبان ۱۳۶۱ را مورد اشاره قرار می‌دهد:
«     حتی مقام رهبری هم بنا بر نظام جمهوری اسلامی و قانون اساسی ما که ملهم از دین و اسلام است با انتخاب مردم انجام می‌گیرد. این مردمند که عالی‌ترین مقام کشور... یعنی رهبر را انتخاب می‌کنند، آنها می‌خواهند تا رهبر، رهبر شود... همه در نهایت به انتخاب مردم برمی‌گردند.      »

هاشمی رفسنجانی نیز در حمایت از نظریه انتخاب به فرایند تعیین رهبر از سوی مجلس خبرگان اشاره می‌کند و می‌گوید:
«     بعضی‌ها روی نظریه کشف تأکید کرده و می‌گفتند: نقش ما این است که آن چیزی را که در واقع متعیّن است، کشف کنیم. ولی من فکر می‌کنم ممکن است در هر زمانی تعداد زیادی از فقها باشند که صلاحیت داشته باشند، ولی نهایتاً باید یکی از آن‌ها انتخاب شود... ممکن است در انتخاب اشتباه هم رخ بدهد؛ یعنی اکثریت اعضای مجلس خبرگان به یک فرد رأی بدهند، اما در عین حال فرد اصلحی هم در جامعه وجود داشته باشد. در چنین صورتی طرفداران نظریه کشف چه می‌گویند، آنها باید بپذیرند فردی که انتخاب شده ولی امر واقعی نیست.»