بر اساس نظریه ولایت مطلقه فقیه لازمه پذیرش حکومت اسلامی، روا داشتن اختیارات مطلق برای فقیه‌است. فقیه، حاکم علی الاطلاق است و همه اختیارات امام معصوم شیعه را دارا است؛ زیرا ولایت مطلق، به معنای رعایت مصالح عام در سرپرستی جامعه‌است و چون حوزه حکومت، مصالح عمومی را نیز در بر می‌گیرد، بدون ولایت مطلق برپایی حکومت اسلامی و اجرای احکام دین ممکن نیست.

به گفته سید علی خامنه‌ای، ولی فقیه تمام اختیارات پیامبر اسلام (حتی اختیار بر نفس و جان مسلمانان) را داراست و رای او بر نظر همه مردم و حتی سایر فقها برتری و رجحان دارد:
«     مراد از ولایت مطلقه فقیه جامع الشرایط این است که دین حنیف اسلام که آخرین دین آسمانی است و تا روز قیامت استمرار دارد دین حکومت و اداره امور جامعه‌است، لذا همه طبقات جامعه اسلامی ناگزیر از داشتن ولی امر و حاکم و رهبر هستند تا امت اسلامی را از شر دشمنان اسلام و مسلمین حفظ نماید، و از نظام جامعه اسلامی پاسداری نموده و عدالت را در آن برقرار و از ظلم و تعدّی قوی بر ضعیف جلوگیری نماید، و وسائل پیشرفت و شکوفائی فرهنگی، سیاسی و اجتماعی را تأمین کند. این کار در مرحله اجرا ممکن است با مطامع و منافع و آزادی بعضی از اشخاص منافات داشته باشد، حاکم مسلمانان پس از این که وظیفه خطیر رهبری را طبق موازین شرعی به عهده گرفت، باید در هر مورد که لازم بداند تصمیمات مقتضی بر اساس فقه اسلامی اتخاذ کند و دستورات لازم را صادر نماید. تصمیمات و اختیارات ولی فقیه در مواردی که مربوط به مصالح عمومی اسلام و مسلمین است، در صورت تعارض با اراده و اختیار آحاد مردم، بر اختیارات و تصمیمات آحاد امّت مقدّم و حاکم است، و این توضیح مختصری درباره ولایت مطلقه‌است.

وی همچنین معتقد است که «اختیارات ولی فقیه در صورت تعارض با اراده و اختیار مردم، بر اختیارات و تصمیمات مردم، مقدم و حاکم است».